Datei:Nucleotides syn1.svg

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Beschreibung

Beschreibung
English: The synthesis of IMP. The color scheme is as follows: enzymes, coenzymes, substrate names, metal ions, inorganic molecules .
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Datum
Quelle Eigenes Werk
Urheber Krishnavedala
SVG‑Erstellung
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Quelltext
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LaTeX code

Source code
\documentclass[12pt,border=1pt]{standalone}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{chemfig,chemmacros}
\usepackage{lmodern}
\usetikzlibrary{decorations.pathmorphing}

\chemsetup[chemformula]{font-shape=sf,format=\sffamily}
\renewcommand*{\familydefault}{\sfdefault}
\renewcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathsf{#1} } }
\setatomsep{2.5em}
\setdoublesep{.6ex}
\setarrowdefault{,2,thick}
\setbondstyle{thick}

\makeatletter
% From: http://tex.stackexchange.com/a/125761
% Initial arguments:
% #1, #2: Same as for -U> (above arrow)
% #3: Additional label at midpoint (also above arrow)
% #4, #5, #6: Like #1, #2, and #3, but below arrow
\definearrow9{-X>}{%
    \CF@arrow@shift@nodes{#7}%
    \expandafter\draw\expandafter[\CF@arrow@current@style,-CF@full](\CF@arrow@start@node)--(\CF@arrow@end@node)node[midway](Xarrow@arctangent){};%
    \edef\CF@tmp@str{\ifx\@empty#1\@empty[draw=none]\fi}%
    \expandafter\draw\CF@tmp@str (Xarrow@arctangent)%
        arc[radius=\CF@compound@sep*\CF@current@arrow@length*\ifx\@empty#8\@empty0.333\else#8\fi,start angle=\CF@arrow@current@angle-90,%
        delta angle=-\ifx\@empty#9\@empty60\else#9\fi]node(Xarrow1@start){};
    \edef\CF@tmp@str{[\ifx\@empty#2\@empty draw=none,\fi-CF@full]}%
    \expandafter\draw\CF@tmp@str (Xarrow@arctangent)%
        arc[radius=\CF@compound@sep*\CF@current@arrow@length*\ifx\@empty#8\@empty0.333\else#8\fi,start angle=\CF@arrow@current@angle-90,%
        delta angle=\ifx\@empty#9\@empty60\else#9\fi]node(Xarrow1@end){};
    \edef\CF@tmp@str{\ifx\@empty#4\@empty[draw=none]\fi}%
    \expandafter\draw\CF@tmp@str (Xarrow@arctangent)%
        arc[radius=\CF@compound@sep*\CF@current@arrow@length*\ifx\@empty#8\@empty0.333\else#8\fi,start angle=\CF@arrow@current@angle+90,%
        delta angle=\ifx\@empty#9\@empty60\else#9\fi]node(Xarrow2@start){};
    \edef\CF@tmp@str{[\ifx\@empty#5\@empty draw=none,\fi-CF@full]}%
    \expandafter\draw\CF@tmp@str (Xarrow@arctangent)%
        arc[radius=\CF@compound@sep*\CF@current@arrow@length*\ifx\@empty#8\@empty0.333\else#8\fi,start angle=\CF@arrow@current@angle+90,%
        delta angle=-\ifx\@empty#9\@empty60\else#9\fi]node(Xarrow2@end){};
    \edef\CF@tmp@str{\if\string-\expandafter\@car\detokenize{#7.}\@nil-\else+\fi}%
    \CF@arrow@display@label{#1}{0}\CF@tmp@str{Xarrow1@start}{#2}{1}\CF@tmp@str{Xarrow1@end}%
    \CF@arrow@display@label{#3}{0.5}\CF@tmp@str\CF@arrow@start@node{}{}{}\CF@arrow@end@node%
    \edef\CF@tmp@str{\if\string-\expandafter\@car\detokenize{#7.}\@nil+\else-\fi}%
    \CF@arrow@display@label{#4}{0}\CF@tmp@str{Xarrow2@start}{#5}{1}\CF@tmp@str{Xarrow2@end}%
    \CF@arrow@display@label{#6}{0.5}\CF@tmp@str\CF@arrow@start@node{}{}{}\CF@arrow@end@node%
}
\makeatother

\begin{document}
\definesubmol\nobond{-[,0.2,,,draw=none]}
\definesubmol{rb}{Ribotide}
\schemestart[][west]
	\chemname{\chemfig{ {\color{red}P}-O--[:-18]*5(-(<:HO)-(<:OH)-(<:OH)-O-) } }{\color{brown}R5P}
    \arrow{-X>[{\color{orange}ATP}][{\color{orange}AMP}][{\color{magenta}\ch{Mg^2+} }][][][\color{blue}PRPS1]}
	\chemname{\chemfig{ {\color{red}P}-O--[:-18]*5(-(<:HO)-(<:OH)-(<:O-[0]{\color{red}P}-[0,,,,red,decorate,decoration=snake, segment length=6pt]{ {\color{red}P} })-O-) } }{\color{brown}PRPP}
    \arrow{-X>[{\color{orange}Gln},{\color{red}\ch{H2O} }][{\color{brown}Glu},{\color{red}2\ch{P_i} }][{\color{magenta}\ch{Mg^2+} }][][][\parbox{5em}{\centering\color{blue}PPAT\\1}]}
    \chemname{\chemfig{ {\color{red}P}-O--[:-18]*5(-(<:HO)-(<:OH)-(<NH_2)-O-) } }{\color{brown}5-PRA}
    \arrow(.-45--){-X>[*0{ {\color{orange}ATP},{\color{brown}Gly} }][*0{ {\color{orange}ADP},{\color{red}\ch{P_i} } }][*0{\color{magenta}\ch{Mg^2+} }][][][*0\parbox{5em}{\centering\color{blue}GART (E1)\\2}]}[-90,1.5]
    \chemname*{\chemfig{O=[:30](-[2]-[::-60]NH_2)-[:-30]NH-[6,,1]!{rb} } }{\color{brown}GAR}
    \arrow{-X>[][][\parbox{5em}{\centering\color{blue}GART (E2)\\3}][\parbox{2.75cm}{ {\color{orange}\ch{N^{10} }-formyl-THF} }][{\color{orange}THF}][][-2em]}[180,3]
    \chemname*{\chemfig{ O=[:30] *6(-NH(-[6]!{rb})-[,,,,draw=none]O=-NH--) } }{\color{brown}FGAR}
    \arrow{-X>[][][\parbox{5em}{\centering\color{blue}PFAS\\4}][{\color{orange}Gln},{\color{orange}ATP},{\color{red}\ch{H2O} }][{\color{brown}Glu},{\color{orange}ADP},{\color{red}\ch{P_i} }][{\color{magenta}\ch{Mg^2+} }][-2em]}[180,2.5]
    \chemname*{\chemfig{ HN=[:30] *6(-NH(-[6]!{rb})-[,,,,draw=none]O=-NH--) } }{\color{brown}FGAM}
    \arrow{-X>[][][\parbox{5em}{\centering\color{blue}GART (E3)\\5}][{\color{orange}ATP}][{\color{orange}ADP},{\color{red}\ch{P_i} }][{\color{magenta}\ch{Mg^2+} }][-2em]}[180]
    \chemname*{\chemfig{*5((-H_2N)-N(-!{rb})-=N-=)} }{\color{brown}AIR}
    \arrow{-X>[*0{ {\color{orange}ATP},{\color{red}\ch{HCO3^-} } }][*0{ {\color{orange}ADP},{\color{red}\ch{P_i} } }][*0{\color{magenta}\ch{Mg^2+} }][][][*0\parbox{5em}{\centering\color{blue}PAICS (E1)\\6}]}[-90]
    \chemname*{\chemfig{*5((-HN_2)-N(-!{rb}) -=N- (-[:150](=[::-60]O)-[::60]OH) =)} }{\color{brown}CAIR}
    \arrow{-X>[{\color{orange}ATP},{\color{brown}ASP}][{\color{orange}ADP},{\color{red}\ch{P_i} }][{\color{magenta}\ch{Mg^2+} }][][][\parbox{5em}{\centering\color{blue}PAICS (E2)\\7}]}
    \chemname*{\chemfig{ O=[:30] *6(-O^{-} -[,,,,draw=none]-[,,,,draw=none]\chembelow{N}{H} (-[:30](=[2]O)-[:-36]*5(=(-H_2N)-N(-!{rb})-=N-))
    	- (-(=[::60]O)-[::-60]O^{-}) --) } }{\color{brown}SACAIR}
    \arrow{-X>[][{\color{brown}Fumarate}][][][][\parbox{5em}{\centering\color{blue}ADSL\\8}]}\quad
    \chemname*{\chemfig{*5((-HN_2)-N(-!{rb}) -=N- (-[:120](=[::-60]O)-[::60]NH_2) =)} }{\color{brown}AICAR}
    \arrow(.-50--){-X>[*0\parbox{2.75cm}{ {\color{orange}\ch{N^{10} }-formyl-THF} }][*0{ {\color{orange}THF} } ][][][][*0\parbox{5em}{\centering\color{blue}ATIC (E1)\\9}]}[-90,1.5]
    \chemname*{\chemfig{*5((-HN-[::-60]=[::60]O)-N(-!{rb}) -=N- (-[:150](=[::-60]O)-[::60]NH_2) =)} }{\color{brown}FAICAR}
    \arrow{-X>[][][\parbox{5em}{\centering\color{blue}ATIC (E2)\\10}][][{\color{red}\ch{H2O} }][][-2em]}[180,2.5]
    \chemname*{\chemfig{ *6(=N- (*5(-N(-!{rb})-=N-=)) --(=O) -[,,,2]HN-[,,2]=) } }{\color{brown}IMP}
\schemestop
\end{document}

Lizenz

Ich, der Urheber dieses Werkes, veröffentliche es unter der folgenden Lizenz:
Creative Commons CC-Zero Diese Datei wird unter der Creative-Commons-Lizenz „CC0 1.0 Verzicht auf das Copyright“ zur Verfügung gestellt.
Die Person, die das Werk mit diesem Dokument verbunden hat, übergibt dieses weltweit der Gemeinfreiheit, indem sie alle Urheberrechte und damit verbundenen weiteren Rechte – im Rahmen der jeweils geltenden gesetzlichen Bestimmungen – aufgibt. Das Werk kann – selbst für kommerzielle Zwecke – kopiert, modifiziert und weiterverteilt werden, ohne hierfür um Erlaubnis bitten zu müssen.

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aktuell21:48, 6. Aug. 2014Vorschaubild der Version vom 21:48, 6. Aug. 20141.062 × 958 (129 KB)wikimediacommons>Krishnavedala{{Information |Description ={{en|1=The synthesis of IMP. The color scheme is as follows: <span style="font-weight: bold;"><span style="color: blue;">enzymes</span>, <span style="color: orange">coenzymes</span>, <span style="color: brown;">substrate...

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